根据天津市、武汉市、西安市、湖南省等地国际税收研究会对出口退税新机制运行后政策效应的调研，国务院权威研究机构近期完成了《实施出口退税新机制的效应、问题及建议》的报告。报告建议对新退税政策进行微调。
调研显示，从全国范围来看，出口退税新机制对保持对外贸易的持续快速增长产生了积极的效应。但也出现了一些中、西部地区外贸进出口增速下降，出口大省、市的地方财政出口退税压力大，一些经营传统出口商品的中小外贸企业经营困难等新问题。
报告指出，出口退税新机制引发的最大问题集中在政府间的财政关系方面。天津市、宁波市、苏州市等地反映，今年出口增长率很高，因此新增出口退税由地方财政承担的25%部分数量也比较大，预计全年当地的新增财政收入将全部用于出口退税。以天津市为例，2004年预计出口退税额为158.91亿元，扣减2003年实际退税基数67.2亿元，增加的退税额91.71亿元则由中央财政和地方财政按比例负担，地方财政预算需要安排近23亿元资金(对于地方财政的压力究竟会对外贸增长产生何种影响，是否会产生新的地方保护主义和国内市场分割，还有待观察)。在中部地区，出口退税对地方财政的压力在今年反映得不明显，可能会在明年进一步显现。
报告倾向于仍然使用目前政府间财政关系的渐进性改革思路，不断地进行微调：税收计划的制定要剔除出口退税因素，取消免抵调库政策，夯实税基，在预算时就为出口退税准备好资金，不留缺口；将进口环节增值税也按照出口退税分配基数的同一口径在中央财政和地方财政之间进行分配，基数内的，定为中央税，超基数的部分纳入中央、地方共享税的范围。
此外，报告还建议对中小外贸企业实行一定的扶持政策。为了便于操作，由实际管理部门和政府相关部门制定具体政策。
报告认为，出口退税新机制还不是一种完善的、能够长期稳定的出口退税制度。所以，不仅需要针对新出现的问题研究对策，而且需要抓紧研究建立一种相对稳定的出口退税制度。但报告同时主张，出口退税制度应相对稳定，尽可能在多数商品上实行公平税负，对资源性出口商品、高新技术等商品则应采取特别税率。
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